背景

　　本作的剧情跨越时间为1961年-1968年，另外有一关Reznov的回忆，控制Reznov与Dimitri并肩作战，时间是1945年(二战关卡）

　　二战后期，帝国（纳粹德国）意识到战败已成定局，于是开始研究非常规方案，之后代号为nova6的研究计划启动，由生化博士Dr.FriedrichSteiner带队的纳粹科学家（其中有一位叫clarke的化学工程师）成功研制出一种毁灭性的大规模杀伤性毒气，纳粹甚至已经计划好通过V2导弹和毒气对盟国发动袭击，准备先对华盛顿和莫斯科下手。幸运的是在这千钧一发的时刻,运载毒气的货轮刚巧在北极圈附近被英军的轰炸机炸搁浅了，更倒霉的是德军还没来得及回收毒气盟军已经攻陷了柏林，大当家（希特勒）自杀了，德国投降，这样毒气已经没有存在的必要，德军曾暗中派遣一支SS党卫军部队前往保护搁浅的货轮，并准备万一货轮遭袭击就销毁毒气。但是Dr.Steiner是个有野心的人，他不甘心就这么结束，暗中联系了苏军中的某军官Dragovish（本作头号boss）。于是，苏军计划了一次奥林匹斯行动（operationolympus）。

　　剧情按时间线编排

　　1945年10月29日，Dragovish和他的副官Kravchenko（本作第二号boss）带领苏军第三突击集团军（3rdshockarmy）突袭货轮残骸，在这次行动中，原5代的苏军战役猪脚DimitriPetrenko和ViktorReznov（dimitri就是5代中玩家控制的角色，而Reznov就是那个苏军战役第一关指导玩家狙击德军军官的那个老头，之后几关也常有露面，嗓门很大的一个家伙）也客串一了下，5代中苏军最后一关，dimitri和raznov攻入柏林帝国议会大厦，dimitri在胜利的最后关头中了冷枪最后坚持把苏联国旗插上帝国议会大厦楼顶，之后这两个老兄刚巧被分配到第三突击集团军参加了这次行动。

　　行动非常顺利，在Dragovish、Kravchenko、Dimitri、Reznov的带领下，苏军很快突入德军内部，找到了Dr.Steiner然后顺利拿到了毒气（毒气没有被党卫军销毁，大概是进攻太快了没来得及）。这时，Dragovish想试试毒气威力，同时主要也是为了灭口，将Raznov和Dimitri的部队逮捕，之后就在那个货船中，Dimitri在密闭仓里被毒气毒死，死状非常惨，而Raznov在刚要被毒死的时候，英军特种部队刚好杀到（应该是来抢毒气的），Dragovish和Steiner等人立刻溜了，而Raznov和几个幸存的弟兄在混乱中从英军和苏军中杀了出来，并成功将货轮炸沉，这样英军没有获得毒气(大概也不知道有这玩意儿)，但是Dr.Steiner还活着，毒气并没有完全消失。之后Raznov不知什么原因被苏联抓获，关在了vorkuta劳改所。

　　1961年4月17日，美国对古巴发动猪湾行动，历史上真有这次行动，不过游戏中的剧情和历史完全不同，CIA特工Mason（本作猪脚）和队友woods、bowman奉命刺杀FidelCastro（古巴GCD第一主席）。行动非常顺利，三人顺利杀入古巴军内部，Mason亲手杀死Castro，woods还上前补了好几枪，之后三人顺利登上逃亡的飞机，但是在飞机在跑道上启动时，Mason看到敌人有大量装甲车和防空炮赶来，毅然跳下飞机利用路边的一座防空炮消灭敌人大量装甲车，之后队友的飞机顺利起飞并逃走，而Mason被古巴GCD抓走。之后Mason醒来，发现自己在某海边，旁边有一艘写有RUSALRA的大货轮（这实际上就是Dragovish发布广播的秘密通讯基地），而Castro竟活生生站在自己面前，另外还有Dragovish和Kravchenko！通过他们的谈话得知Castro早已知道CIA的刺杀计划，Mason他们杀死的那人只不过是个替身，之后Castro将Mason当做礼物交给Dragovish，并请Dragovish折磨Mason。之后Dragovish和Dr.Steiner似乎有另一个秘密研究，他们将某些犯人进行洗脑，让其为自己服务。由于Mason本就是CIA特工，很适合拿来作杀人工具，他们对Mason实施了洗脑，灌输了刺杀美国总统肯尼迪的命令！同时还在Mason大脑里植入了一套密码破译程序！但是Mason不是普通人，他有超强的意志，对他的洗脑失败了，于是Dr.Steiner放弃了Mason，将他发配到vorkuta劳改所。

　　Mason来到了vorkuta，之后他遇到了Raznov，并和其成为了好朋友。Raznov一心想要报仇（Dragovish不止一次背叛他，而且Dimitri的仇当然也要报），但是凭他自己似乎实力不足，然后他发现Mason身手不凡，于是计划让Mason帮忙，奇怪的是Raznov对洗脑的事情竟然也知道一些，他偷偷的对Mason灌输了：Dragovish、Kravchenko、Steiner都必须死！这么个思想，而且他成功了（真扯淡，不过也可能是因为Mason和他是好友的关系，反正他的洗脑成功了）。之后他计划将Mason送出去。而Mason自己对于被洗脑的事情一点都不知道，而且他的大脑在洗脑中似乎有损伤，之后他在执行任务的时候经常会产生幻觉，认为Raznov在和他一起战斗，其实那时候Raznov老早死了。

　　1963年10月6日，Raznov领导其他劳工发动了计划好的暴乱，混乱中大量劳工被杀，Mason和Raznov并肩作战，最后成功杀了出来（其中有驾驶摩托车的逃亡的部分，那个散弹枪单手填弹的动作真TM帅），最后Raznov成功送Mason跳上路过的一列货运火车，而他自己为了让Mason能成功脱身而驾驶卡车朝另一个方向开去以吸引追兵的注意。之后Mason成功逃出，而在后来Hudson的分析中得知Raznov自己没成功，在这次逃亡中被杀死了。之后剧情中Raznov经常会在关键时刻出现帮助Mason，那实际上都是Mason的幻觉。

　　一个月后，1963年11月10日，Mason回到了五角大楼，在通过忠诚测试后，又重新成为CIA特工，JasonHudson成为了他新的handler（这个不知道怎么翻译，如果你玩过细胞分裂，那个兰伯特就是费舍的handler）。肯尼迪总统亲自召见了Mason，给了他一个刺杀Dragovish的任务，Mason当然接受了任务。

　　一周后，1963年11月17日，CIA实施了闪电行动，几名特种部队战士（Woods、Mason、Bowman、Weaver、Brooks）袭击了苏联的baikonur太空基地，任务包括：破坏苏联的远程导弹（火箭），消灭苏联激进分子（包括Dragovish）以及一些投降苏联的纳粹科学家，Weaver在这次行动中被弄瞎了一只眼，最后众人杀到火箭控制台却发现控制台坏了，无法停止发射远程导弹（火箭）。但是苏联的科学家想的太周到了，他们早已考虑到万一有员工不小心发射了火箭而控制台刚好失灵无法终止的情况，于是事先在控制台门口存放了一支火箭发射器用来把火箭打下来，之后Mason执意要找到Dragovish并亲手杀死他（被洗脑的后果），但是Dragovish早已逃走。