第一章：EdenPrime

剧情开始于Alliance（地球联盟）的巡防舰Normandy号上。
由于Alliance举荐主角Shepard成为Spectre（不受法律管辖，可以自由在星际间旅行，直接向议会负责的特工），Council（银河议会）便派其中一位Spectre──Nihlus，来观察主角是否有成为Spectre的资格。

在与Anderson舰长和Nihlus对话时，突然收到一则紧急求救的讯息，地球的殖民星EdenPrime遭受攻击。敌方的目的，很可能是想夺取EdenPrime考古挖掘站所挖出的Beacon（信标），这是已消失的远古外星民族Prothean的科技产品。

Shepard带著部下Kaidan、Jenkins，与前来监督的Nihlus一起前往EdenPrime。
登陆之后，Nihlus说他不跟Shepard他们一起行动，自走自的路去了。
Shepard等人则赶往挖掘站，途中遭遇根本不应该出现在这儿的机械生命体geth攻击，Jenkins不幸牺牲，但没时间为他默哀了。
继续前往挖掘站的路上，遇到了被geth攻击的当地驻兵Ashley，拯救她后，Ashley加入队伍。

一行人最后来到挖掘站，那儿尸横遍野，但恐怖的事发生了！原本被刺桩杀死的尸体居然动了起来，并开始攻击Shepard等人。
消灭这群从恶灵古堡跑来客串的演员后，前行来到Spaceport，遇到因为开小差而逃过一劫的工人，他告诉我Nihlus被一个叫Saren的人暗算杀死了！而且这家伙看来就是攻击本地的主谋！工人建议我可以搭乘火车追赶他，速度比较快。
向前来到火车上，消灭挡路的geth，启动火车。

抵达终点站时，发现一群geth正在安装定时炸弹，想毁灭证据。
在时限内解决剩下的geth并拆除炸弹，来到车站另一侧，Beacon尚未被带走。
一行人驱前察看，Ashley（使用女角时则为Kaidan）忍不住靠得更近些，此时Beacon发出奇怪的引力将Ashley吸去。Shepard连忙将她拉开，自己却被Beacon的引力吸起，奇怪的幻象灌入Shepard脑内。

受这股力量影响，Shepard随即昏迷过去，醒来时发现自己已回到Normandy号。
与Anderson舰长交谈，告知看到幻象之事，他建议Shepard向议会报告。

第二章：CitadelStation

与Anderson舰长和地球派驻Citadel的大使Udina对话后，两人先前往议会准备报告之事，并吩咐Shepard自行前往议会所在的CitadelTower。

走路或利用Citadel各处的传送点来到CitadelTower，进入后，在会议厅门口遇到两个吵架的Turian，其中一个很明显不喜欢Saren。与之交谈后得知他叫Garrus，是Citadel安全部门C-Sec的探员，和他吵架的是C-sec的局长ExecutroPallin。Garrus正在调查Saren的不法情事。只是Saren是银河议会最优秀的Spectre，而他手上也没确实的证据，因此无力扳倒Saren。Garrus祝Shepard好运后便行离去。

继续往前走，与Udina大使和Anderson舰长会合，一起向议会报告。不管Shepard如何解释，议会都不相信Saren已经背叛了他们，会议在不愉快的气氛下结束。
显然要说服议会，非有铁证不可。Shepard想起刚刚遇到探员Garrus，他可会知道什么。Anderson舰长建议我，想找Garrus，可以到Wards区的Chora'sDen找个名叫Harkin的家伙问问看。或者也可以到FinancialDistrict找位叫BarlaVon的人，他是情报贩子ShadowBroker的手下。

小妹是选择找Harkin。一抵达Chora'sDen，就在门外遭遇Saren派来的刺客，解决他们后入内找到Harkin，得知Garrus应该在Wards上层，Dr.Michel执业的MedClinic；以及Anderson舰长与Saren曾有过节。

来到MedClinic，发现Dr.Michel正被人威胁，帮助她解决这群人后，得知这些人是来逼问日前找她就医的Quarian女孩的行踪，这个Quarian很可能握有Saren背叛的证据，处境岌岌可危。她似乎相信ShadowBroker保护她，但ShadowBroker非常神秘，所以Dr.Michel介绍她去找Chora'sDen的老板Fist。此时Garrus指出Fist已经背叛了ShadowBroker，而ShadowBroker则雇用了一个叫Wrex的赏金猎人去杀Fist。对话结束后，Garrus加入队伍。

到C-SecAcademy，遇见几个C-Sec探员在和Wrex吵架，向Wrex谈话，说明愿与他合作对付Fist，Wrex加入队伍。

一行人前往Chora'sDen找Fist，整个酒馆里都是敌人，杀入办公室，打倒所有啰喽。Fist向Shepard求饶，供出他提供情报给Saren，现在Saren的刺客已经来杀Quarian女孩了，Shepard必须在时限内找到她。（如果带Wrex同行的话，对话结束后，Wrex会杀了Fist）

Quarian女孩就在走出Chora'sDen大门口不远的小路（就在传送到Chora'sDen时，接收点右边楼梯上方的小道上），刺客已经在那儿，幸好Shepard即时到达！解决所有刺客后，Shepard带Quarian女孩向Udina大使和Anderson舰长说明她的发现。Quarian女孩自介名叫Tali，目前正在进行该族成年后必须要做的朝圣，在旅行途中无意接收到一段音讯，是Saren和某位不知名女性的对话，内容清楚证明Saren就是攻击EdenPrime的凶手！此外还得知Saren正在寻找一个叫Conduit（导管）的物品，其目的似乎想让某种叫Reaper的生物回归。众人皆一头雾水，不知Reaper是什么。Tali解释，Reaper是某种高度发展的机械生命体，传说他们50,000年前曾与Prothean发生战争，消灭了Prothean──至少geth们是如此相信的。至于Conduit是什么，连Tali也不知道，Anderson舰长则猜测它可能是某种武器。对话结束后，Tali加入队伍。

在Udina大使与Anderson舰长的陪同下，Shepard向议会播放录音，议会终于相信Saren已成为叛徒，还认出另一个声音是Asari族的贤者（Matriarch）Benezia。议会下令褫夺Saren的Spectre身分，并任命Shepard为Spectre，他是第一位得到这项殊荣的人类。

Shepard成为Spectre后，Udina大使说他有事要和Anderson舰长私下商量一下，他们先走一步，并吩咐Shepard等一下到Alliance军舰停靠的码头找他。
前往C-SecAcademy，搭乘中央的电梯来到码头，Udina大使与Anderson舰长告诉Shepard一个惊喜，Normandy号现在是他的了！

接著对话得知有两个星球都有关于Saren的线索：Feros和Noveria，或者Shepard也可以去找在ArtemisTauCluster某处研究Prothean遗迹的LiaraT'Soni博士。不管选哪个地方都没影响，因为这三个任务的顺序是可以随意选的。

Udina大使吩咐Shepard有任何疑问可向Anderson舰长询问后就走了。与Anderson舰长聊天，得知他原本也曾是Spectre的人选，而派来观察他是否适任的Spectre就是Saren。一次任务中，Saren害死了许多人，却在报告书中把错误全推给Anderson舰长，Anderson舰长自此与Spectre资格绝缘。

了解这段过去，并询问一些资讯后，Shepard就登上了Normandy号，展开追捕Saren之旅。

第三章：FindLiaraT'Soni

搜寻ArtemisTauCluster，在KnossosSystem找到Therum这颗星著陆。开著Mako沿地图向前走（小心不要掉到岩浆里），会遇到三个在墙上的炮塔，击破之后，稍往后退，会发现一条通往类似营区之地的歧路。消灭在区内的敌人，进入货柜屋搜查，会找到铁卷门的开关（有两个货柜屋内都有开关，一个是通往刚才炮塔处的铁卷门，是死路；另一个则是通往下个区域的铁卷门）。开启后继续前行，来到一处狭小的石缝，看来是无法开车通过，只能下车步行。

打到沿途的敌人，来到挖掘站外面，发生boss战，天上的Geth战舰突然抛下一只GethArmature，外加一堆敌人。

打倒后他们后进入挖掘站，在最底端发现困在力场中的Liara，对话得知她在挖掘过程中误触Prothean遗迹的保全装置，动弹不得，但也因此geth无法伤害她。Liara拜托Shepard想办法放她出去。

对话结束后，沿路走下楼梯，遭遇一批geth，清除之后找到采掘场的雷射装置。进行小游戏以启动雷射（难度不高，试试四个钮不同的排序组合即可破解），右手边出现通道。前行到底发现有个开关，启动后前方的墙会降下，不过Liara在Shepard他们背后XDrz

转身与Liara对话，会进入动画将她放下，并发现采掘场也快要崩塌，与Liara一同搭乘电梯到达上层，遇到Saren派来的蜥蜴人杀手。不管怎么对话他都不相信采掘场要垮了，话不投机，打了再说。打到所有敌人后自动回到船上，询问Liara关于Prothean文明的事。

Liara说Prothean不但整个种族神秘消失，而且在全族消失后，他们存在过的痕迹也被人刻意抹去。
对话间Shepard提到Reaper，Liara吃惊地询问Shepard如何得知这个名字，Shepard说是从beacon的幻象中知道的。Liara说这样就合理了，因为beacon是Prothean用来传递讯息的媒介，只是beacon是专为Prothean而设计，因此人类无法充分理解资讯的内容。而Shepard竟然能承受它的资讯而无事，可见Shepard的心灵非常强壮。接著解释道，她在研究Prothean的过程中，发现Prothean并不是银河中唯一一支消失的高文明种族，还有许多在Prothean之前的文明也消失了。因此她的推测，每隔一定周期，就会出现一批人，将高度发展的文明摧毁。这群人就是Reaper。

说著说著，Liara显得身体不适，向Shepard告退，会议解散。

自此到第六章为止，每次任务会议结束后都可选择是否要向议会报告。

第四章：Feros

来到正受geth攻击的地球殖民星Feros，下船后与士兵谈话，他告知此地领袖FaiDan正等著Shepard。话才说到一半，一群geth出现将士兵杀死。一路清除敌人到地图底端，与FaiDan对话，得知此地的Tower正遭受geth攻击。清除Tower里的geth，接著回去报告FaiDan，他拜托Shepard前往ExoGeni公司本部（ExoGeniHQ）查看，geth似乎就是从那里过来的。（在此地逛逛可以接到一些支线任务。）

朝ExoGeniHQ前进，中途地道中有个Camp，下车进去和人们谈话，Camp的领袖Jeong看到Shepard来到，意外地没有显得很