《轩辕剑贰》剧情

（接续一代剧情）在打败火凤凰之后，一行人来到了神州大陆，立誓要消灭妖魔，让百姓们能够安居乐业。然而在帮助安定村赶走强盗时，主角们并没有帮助村民，反而因为少了野熊寨强盗守护山口，使得妖魔能入侵村庄。之后，为解决兴风作浪的水妖，应临河镇村长相求，深入临羊大泽，不料被蛟龟卷入水底，为炼妖壶所救。炼妖壶告知主角们其为女娲所造，为净化升华地上诸多过于残暴的妖魔鬼怪，并与炼妖壶看守者巴蛇在此千年之久，但巴蛇却不顾女娲所托，放尽壶内妖魔并消失，垦求主角们帮助祂找到巴蛇，并收回逃出之妖魔。

在18年前的善神、恶神与人类的大战，使得三方损伤惨重。之后的人类倚仗尖兵利铁，大规模的剿灭妖魔不少妖魔找巴蛇诉苦，巴蛇向女娲神请求，然而等待回应的时间中妖魔已快被灭绝，等不及的巴蛇决定亲自为妖魔族取回公道，从而释放出炼妖壶中的妖魔。

在找寻息壤（可进入建木的土壤）的过程中，遇见了在野熊寨有一面之缘的书生古月圣，他一直为江如红眉宇间发黑的状况所担忧，以此理由加入了队伍。之后队伍一路向北来到平阳城，拜见轩辕帮帮主江长风后，为帮主夫人认出江如红正是十年前被怪鸟抓走的亲生女儿。感人相认后，江如红身体发生异状，在即将手刃父亲前，为古月圣所挡下并化其为原形——白狐。干松上人解释江如红被妖魔下了长期咒语，在相认后发作杀死其父的诡计。要解此咒就必须杀死下咒的火凤凰。

江如红清醒后与伙伴们一同前往大佛像塔寻找舍粒子救活古月圣。古月圣在炼妖壶中遇见壶中仙，得知可利用大禹地下水道的分流机关将火焰山的岩浆浇熄。不过此时古月圣也发现壶中仙似乎另有所谋，叫伙伴不要太相信壶中仙。

击败巴蛇（恶神）与火凤凰后，壶中仙告知何然一行人只有将炼妖壶丢入昆仑仙境的造物仙鼎，方能尽数收入世上妖魔。而昆仑仙境的入口藏在巨树里的建木法师处，必须收集视肉、金乌镜、月宫琴、雕像四宝方能开启入口，并指示宝物的所在处与前往路径。

在向轩辕帮主江长风行辞前，江长风告诉何然一行人他手上的轩辕剑其实是假的，只是为了吓阻恶神而使用的手段。并且四散各地的妖魔仍有庞大的残余势力，如有真正的轩辕剑定能使天下太平。所以希望何然一行人能寻找真正的轩辕剑与轩辕剑侠的下落。

照着壶中仙所指示的继续北上，经由在吊桥时碰上了昔日的死对头蛟龟，蛟龟不敌，将何然撞落悬崖。醒来的何然看见了自己躺在一旁，不明所以。壶中仙推测在何然掉下悬崖时，蛟龟拿走炼妖壶并将他吸入，所以才会在壶中界出现。在回头取回肉体时发现已被人偷去，何然必须靠自己的力量来取回肉体。

取回肉体后，仍须解决蛟龟，何然往外一走，即进入了古月圣的故乡——瀑洞村。村中仙人告诉何然全村已被吸入炼妖壶中，还说壶中仙会怂恿炼妖壶持有者尽量使用炼妖壶，祂会吸光炼妖壶内众生，然后变成自己的力量。因为蛟龟以前曾待过炼妖壶内，晓得如何使用炼妖壶，壶中仙担心蛟龟会把壶中众生吃光，才叫何然尽速解决蛟龟。并且巴蛇之所以放出妖魔，是因为人类和妖魔间的平衡被破坏才放出妖魔，否则他也不会这么做。并催促何然杀死壶中仙和破坏炼妖壶才出得去。回头找壶中仙，壶中仙解释那个仙人是蛟龟假份的，并施法令假仙人现出原形。打败蛟龟后，何然终于脱离壶中界，遇见真正的仙人，并代仙人传话给古月圣叫他好好照顾自己。

何然得知杨坤硕受邀到伏魔剑派附近一处妖魔的根据地协助除妖，一行人赶过去，在水道中发现重伤的杨坤硕。杨坤硕说自己本想与武氏兄弟争夺轩辕帮帮主之位，结果发现这里都是些老弱妇孺，怎么也下不了手。而与滥杀妖魔的武氏兄弟大打出手，一行人继续前进阻止武氏兄弟的屠杀。解决武氏兄弟后，化民解释巴蛇死后妖魔已失去团结的力量，因主角与手持炼妖壶和人形的巴蛇相像，希望他能带领妖魔族继续抵抗人类。何然当然不答应，但也不能让外面的人类再进来屠杀。化民为了报恩，便想到两全齐美的办法，就是化民来对人类说武氏兄弟是他们杀的，并且关闭入口使报仇的人类无法进来，不仅能让主角们脱罪，也可以保护化民不再遭害。

之后何然一行人赶到雷泽塔拯救伏魔剑派，告诉牛头人化民族长要他回去，并告知双方昆仑仙境里有解决人妖纷争的方法，希望在找到昆仑仙境之前先暂时止战。然而因牛头人不服而开打，击败牛头人后，从伏魔剑派掌门人得到定风珠，通过风穴后即可前往四塔取得四宝物。

获得四样宝物后，建木法师将主角们传送至昆仑仙境，而在仙境一行人眼前的，是轩辕剑侠！击败他后，何然将炼妖壶丢入造物仙鼎中，当众人以为一切结束时，没想到仙鼎把整个世界吸入！这时女娲神赶来，解释因为炼妖壶吸了愈多东西，力量愈是强大，最终目的就是要主角们帮它和造物仙鼎合而为一。现在连女娲神都没办法对付它；若无人愿意持轩辕剑进入炼妖壶内的世界杀掉壶中仙，世界就只存在于壶中了！女娲神将轩辕剑给予何然，并告诉他轩辕剑侠其实就是他的父亲，轩辕剑侠为了让人类和妖魔都不会互相残杀，选择了与善恶神同归于尽，从此轩辕剑侠的魂魄即依附在轩辕剑上，虽然屡次警告何然一行人，然而仍是无法阻止这场浩劫！

手持轩辕剑的何然决定与同伴们、女娲神一同击败壶中仙。之后，众神决定把人与妖魔划清界线，此后双方各自活动在固定领域内。